Establecimiento y estandarización de condiciones de sonicación de ADN fitopatógeno y evaluación electroforética

Abstract

La sonicación es una técnica que utiliza ondas ultrasónicas para agitar partículas en un medio, esta agitación tiene varios efectos, como el homogeneizar, desgasificar, lisis celular y fragmentación de ácidos nucleicos. Lo genera a través de la creación e implosión instantánea de burbujas las cuales se van dispersando a través de la matriz del medio, donde la cantidad y la energía con la que implosionan dependerá de las condiciones de operación. En la presente investigación se generó una propuesta de estandarización de condiciones de operación para la fragmentación de ADN, utilizando un sonicador de sonda sumergible Fisher brand®, donde para estandarizar dichas condiciones se partió de una muestra de ADN de un virus fitopatógeno. Dicho ADN se encuentra inserto en un plásmido (pBluescript) que contiene solo el componente A del virus huasteco de la vena amarilla (PHYVV-A) donde se extrajo y se concentró para poder obtener una concentración constante de 1μg/mL de la cual se obtuvieron diferentes alícuotas para estandarizar el proceso, dichas variaciones recaen ahora en las variaciones de volumen operacional (100, 200, 300, 400 μL) y a los diferentes porcentajes de amplitud (40, 50 y 60) que emite el sonicador dando así un protocolo estandarizado para obtener fragmentos de hasta 100pb dando así una opción frente a otras metodologías de fragmentación química o digestión enzimática. Los resultados muestran un rango de fragmentos de 1000 a 100 pb en volúmenes intermedios (200 y 300 μL) con una amplitud de 40% dada por el sonicador.